Diagnóstico prenatal con microsatélites ligados a un gen con pseudogén
Una pareja acude a consejo genético. Su hijo mayor padece una enfermedad autosómica recesiva grave. El gen implicado tiene una copia homóloga casi idéntica (pseudogén), de modo que la secuenciación convencional no permite asignar con seguridad las variantes al gen funcional; por ello el laboratorio utiliza dos microsatélites que solo amplifican desde el gen funcional. Tamaños en pares de bases: madre 210/214; padre 208/210; hijo afectado 210/208; hija sana 214/210. En la gestación actual se analiza líquido amniótico y se obtiene 214/208, con un 3 % de células maternas en la muestra. La fracción de recombinación entre el microsatélite más próximo y el gen es del 4 %. El laboratorio debe decidir si informa «feto portador sano» o «feto con riesgo de estar afectado», y qué riesgo residual debe consignar en el informe.
1. Deduce la fase de los alelos en cada progenitor e interpreta el resultado fetal.
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El hijo afectado debe llevar dos alelos mutantes. Recibió 210 de la madre y 208 del padre; por tanto, en la madre el alelo 210 está en fase con la mutación materna y el 214 con el alelo funcional. En el padre, el alelo 208 está en fase con la mutación paterna y el 210 con el alelo funcional, lo que concuerda con la hija sana, que recibió 214 (funcional) de la madre y 210 (funcional) del padre.
El feto presenta 214 materno y 208 paterno. El 208 paterno es el alelo ligado a la mutación, de modo que el feto ha heredado la mutación paterna. El 214 materno es, con alta probabilidad, el alelo funcional. La conclusión es que el feto es portador sano, no afectado, siempre que no haya recombinación ni errores analíticos.
2. Calcula el riesgo residual de que el feto esté afectado y explica el efecto de la contaminación materna.
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Para que el feto esté afectado tendría que llevar también la mutación materna en el alelo 214. Si la fase deducida es correcta, el 214 es funcional; la probabilidad de que la mutación esté en realidad ligada al 214 es la fracción de recombinación, 0,04. Por el lado paterno, el 208 porta la mutación con una probabilidad del 96 % (0,96). El riesgo de afectación es aproximadamente 0,04 × 0,96 ≈ 0,038, es decir, alrededor del 3,8 %; en el informe conviene redondear a «riesgo residual bajo, inferior al 5 %».
La contaminación materna del 3 % puede generar un pico minoritario de 210 en la muestra fetal. Si se interpretara erróneamente como un alelo fetal, se concluiría de forma falsa que el feto es 210/208, es decir, afectado. Hay que fijar umbrales de altura de pico, comparar con el perfil materno y repetir el análisis con marcadores informativos.
3. Propón cómo confirmar el diagnóstico y qué limitaciones tiene el estudio de ligamiento.
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La confirmación ideal es la detección directa de las variantes en el ADN fetal mediante una técnica que distinga el gen del pseudogén, por ejemplo secuenciación de lecturas largas o PCR digital específica de alelo, si el laboratorio puede diseñarla. Si no es posible, deben analizarse más microsatélites flanqueantes, estudiar en paralelo a los padres y al hijo afectado y repetir la muestra (villi coriales o cultivo celular) para descartar contaminación materna y falso positivo.
Limitaciones: la recombinación puede separar el marcador del gen; hay errores de genotipado, alelos nulos y posible caída de alelo (allele dropout); una mutación de novo o una disomía uniparental también alterarían la inferencia. Por ello el resultado de ligamiento debe presentarse como probabilístico y no como un diagnóstico definitivo.