Un variant « de novo » chez l'enfant : le risque est-il vraiment nul pour la fratrie ?
Léa, 3 ans, présente depuis l'âge de 5 mois des crises d'épilepsie réfractaires et un retard de développement majeur. Le séquençage de l'exome a identifié chez elle un variant hétérozygote non-sens dans le gène SCN2A (c.3955C>T, p.Arg1319*), classé pathogène. Les deux parents, âgés de 34 et 31 ans, sont asymptomatiques ; le séquençage ciblé de leur ADN sanguin ne retrouve pas le variant (couverture 350×). La mère a fait une fausse couche spontanée à 9 semaines d'aménorrhée deux ans avant la naissance de Léa. Le couple, qui souhaite un second enfant, demande au généticien quel est le risque de récidive.
Une analyse complémentaire est proposée : le variant est retrouvé dans 12 % des spermatozoïdes du père (séquençage après dilution limite de 2 000 cellules), mais reste indétectable dans son sang et dans un prélèvement cutané. Chez la mère, aucun tissu analysé n'est porteur. La pénétrance des variants non-sens de SCN2A est estimée à 100 %, avec une expressivité variable.
1. Expliquez pourquoi l'absence du variant dans le sang des deux parents ne permet pas de conclure à un risque de récidive nul. Quelle hypothèse biologique rend compte du résultat paternel ?
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1. Ce que l'absence du variant dans le sang prouve - et ne prouve pas Un test sanguin négatif signifie seulement que le variant est absent, ou sous le seuil de détection, dans les leucocytes. Or les cellules germinales se différencient très tôt, à partir d'une lignée distincte de la lignée hématopoïétique. Une mutation survenue chez le père après la séparation de ces deux lignées peut donc être présente dans une partie des spermatozoïdes sans être décelable dans le sang.
2. L'hypothèse retenue : mosaïcisme germinal
- 12 % des spermatozoïdes portent le variant : la mutation est bien présente chez le père, mais seulement dans une fraction de ses cellules germinales.
- Elle est absente du sang et de la peau : il ne s'agit pas d'un mosaïcisme somatique diffus, mais d'un mosaïcisme germinal (ou germinal préférentiel).
- Avec une couverture de 350×, un mosaïcisme sanguin de 12 % aurait été détecté : l'absence de signal sanguin est donc informative, elle n'est pas un simple défaut de sensibilité.
3. Conséquence pour le conseil génétique Le variant est dominant (hétérozygote atteint, pénétrance 100 %). La situation n'est donc pas celle d'une mutation strictement de novo (risque de récidive habituellement estimé à 1 %), mais celle d'une mosaïque germinale paternelle, avec un risque largement supérieur.
2. Estimez le risque pour une prochaine grossesse et justifiez le calcul. Pourquoi le résultat n'est-il ni 50 %, ni 1 % ?
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Calcul Si 12 % des spermatozoïdes portent le variant et que la pénétrance est de 100 %, chaque fécondation a une probabilité de 0,12 d'impliquer un spermatozoïde mutant :
- Risque ≈ 0,12 × 1 = 12 % (soit environ 1 grossesse sur 8).
- Intervalle de confiance à 95 % sur l'estimation du mosaicisme (2000 cellules comptées) : environ 10,6 % à 13,4 %.
Pourquoi pas 50 % ? 50 % correspondrait à un père hétérozygote constitutionnel, c'est-à-dire porteur du variant dans toutes ses cellules. Ici, seules 12 % des cellules germinales sont mutées : la mutation est post-zygotique.
Pourquoi pas 1 % ? 1 % est l'ordre de grandeur du risque de récidive d'une mutation réellement de novo, lié à un mosaïcisme germinal non détectable. Ici, le mosaïcisme est mesuré, et il est de forte ampleur : le risque est multiplié par plus de dix.
Limites du raisonnement
- On suppose que les spermatozoïdes mutants ont la même capacité fécondante que les autres ; une sélection spermatique modifierait l'estimation.
- La proportion de spermatozoïdes mutants peut varier dans le temps ; elle ne remet pas en cause l'ordre de grandeur.
- Le risque concerne le variant paternel ; le risque maternel est nul pour ce variant.
3. Proposez au couple des options concrètes et discutez leurs contraintes respectives.
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Option 1 - Diagnostic prénatal (DPN)
- Prélèvement (choriocentèse vers 11–14 SA ou amniocentèse vers 15–16 SA) puis recherche ciblée du variant paternel, déjà caractérisé.
- Avantage : ne nécessite pas de fécondation in vitro.
- Contraintes : geste invasif (risque de fausse couche faible mais réel), décision possible seulement en cas de résultat pathologique, délai de quelques jours à deux semaines, et charge psychologique.
Option 2 - Diagnostic préimplantatoire (DPI)
- Fécondation in vitro, biopsie de quelques cellules de l'embryon au stade blastocyste, transfert d'un embryon indemne.
- Avantage : évite d'avoir à interrompre une grossesse.
- Contraintes : stimulation ovarienne, lourdeur du parcours, taux de succès par cycle limité, coût et délais ; le variant devant être identifié sans ambiguïté (c'est le cas ici).
Points à expliciter lors de la consultation
- Le risque concerne chaque grossesse de façon indépendante (~12 %).
- La fausse couche antérieure n'est pas nécessairement liée au variant : ne pas la présenter comme une preuve.
- Le couple doit être informé que le père est mosaïque : un test sanguin de fratrie n'aurait aucun intérêt, et les apparentés du père ne sont pas concernés.
- Un accompagnement psychologique et une information sur les associations de patients complètent la prise en charge.