Microbiologie et parasitologie
Ce que l'épreuve attend
L'épreuve porte sur la chaîne du prélèvement à l'interprétation : qualité du prélèvement, choix du milieu, lecture de l'antibiogramme, reconnaissance des mécanismes de résistance et identification des parasites. Le raisonnement attendu distingue colonisation, contamination et infection.
Notions structurantes
- Prélèvements : asepsie, recueil avant antibiothérapie, milieu de transport adapté, délai maîtrisé. Hémocultures : deux séries aérobie et anaérobie, 20 à 30 mL de sang au total, avant les antibiotiques. ECBU : leucocyturie significative à partir de 10 000/mL et bactériurie de 100 000 UFC/mL ; en cystite aiguë simple, 1 000 UFC/mL suffisent.
- Techniques : coloration de Gram, milieux sélectifs (Chapman pour les staphylocoques, Hektoen pour les entérobactéries, Sabouraud pour les levures), identification par MALDI-TOF, PCR multiplex, antigénuries pneumocoque et légionelle, sérologies.
- Antibiogramme : diffusion en milieu gélosé Mueller-Hinton, diamètres critiques du standard EUCAST/CA-SFM, mesure de la CMI lorsque nécessaire. Mécanismes de résistance à connaître : bêta-lactamases à spectre étendu, carbapénémases, mecA des staphylocoques résistants à la méticilline, vanA des entérocoques. Bactéries multirésistantes et hautement résistantes imposent des mesures d'isolement.
- Parasitologie : examen parasitologique des selles sur trois échantillons à jours différents, Scotch test pour les oxyures, goutte épaisse et frottis mince pour le paludisme, PCR et antigénurie HRP2.
Exemple raisonné
Femme enceinte, ECBU : leucocytes 200 000/mL, culture monomorphe d'Escherichia coli à 100 000 UFC/mL. La leucocyturie associée à une culture monomorphe à ce seuil signe une infection urinaire, à traiter chez la femme enceinte même en l'absence de symptômes. Un antibiogramme est rendu et le suivi biologique est programmé.
Pièges qui coûtent des points
- Traiter une flore polymicrobienne, signature d'une contamination par défaut d'asepsie.
- Conclure à l'absence d'infection devant une leucocyturie sans bactériurie, alors qu'une PCR Chlamydia est indiquée.
- Lire un antibiogramme sans vérifier la concentration critique de l'antibiotique.
- Interpréter une sérologie isolée en oubliant la fenêtre immunologique.